どちらの検査がよいか一概には言えませんが、経鼻挿入では嘔吐感が少なく苦痛の小さい検査方法と言われています。但し、鼻腔が狭い方などでは鼻からの挿入が難しい場合や、痛み・出血を伴う場合があります。経口挿入では、画質や処置能力に優れた内視鏡を使用することができます。